Serena está com grandes problemas. Falta apenas um ano para os difíceis testes para entrar no colegial e mesmo com a ajuda de suas amigas, ela não consegue tirar boas notas. Enquanto isso, em seu laboratório, o professor Tomoe termina de criar seu primeiro ovo demoníaco. Esses ovos foram criados para encontrar e roubar corações puros, pois o professor Tomoe está procurando o Santo Graal (Taça Lunar) e para achá-lo ele precisa encontrar os três Talismãs que estão selados no interior dos corações de três pessoas puras. Com a Taça Lunar ele terá poder para trazer das profundezas do Universo o Messias da Escuridão, que destruirá completamente nosso pobre planetinha. Então Tomoe e sua assistente Kaolinite começam a enviar ovos atrás de corações puros. Sorte nossa que existem as Sailors, que vão destruindo todos os ovos e seus demônios. Um dia, Mina e Serena encontram um rapaz chamado Haruka, que para azar delas está acompanhado de uma bela garota de cabelos verdes, Michiru. Mais tarde as garotas saem juntas e Serena e Mina não podem acreditar quando vêem Haruka vestido de mulher. Ele é uma garota! E sem que elas desconfiassem, elas são também Sailor Uranus e Sailor Neptune, suas companheiras na luta contra o professor Tomoe. As Sailors vão acabando com todos os ovos, mas Kaolinite decide acabar com a festa e com as Sailors. Ela acaba caindo da Torre de Tóquio, desaparecendo. Mais tarde o Professor Tomoe procura o grupo "The Witches Five" (As Cinco Bruxas) e dá a uma delas, Eudial, a missão de encontrar os três Talismãs (que até agora ninguém sabe o que são ou que forma têm). Mas para dar uma força às Sailors, Chega Rini, que veio direto do século 30 para treinar como Sailor. Eudial descobre que os Talismãs estão dentro de Uranus e Neptune e, em uma armadilha, começa a atacá-las e acaba matando Neptune. Seu coração, assim se transforma em um espelho (Deep Acqua Mirror). Sailor Moon chega e Haruka se sacrifica para lhe dar seu talismã, uma espada (a Space Sword). Eudial começa a lutar com Sailor Moon e logo todas as Sailors chegam. Mas surge Sailor Pluto com o terceiro Talismã, o Garnet Orb e tudo muda. Os três talismãs se unem e os cristais dos corações de Haruka e Michiru voltam para os seus corpos, fazendo-as acordar. Os Talismãs então formam um triângulo e criam a Taça Lunar. Quando Sailor Moon o toca, se torna Super Sailor Moon e assim derrota Eudial que foge em seu carro, que aliás está com os freios quebrados, mais uma brincadeira de sua irmã Mimete. Eudial cai de um despenhadeiro e morre. No laboratório, Professor Tomoe manda Mimete tomar o lugar de Eudial e ir atrás de novos corações. No mesmo dia, a turma de Serena resolve ir ao parque para ver um famoso galã que filmava ali. Chegando lá, Rini conhece Hotaru, uma garotinha de cabelos negros e uma aparência frágil e acompanha sua nova amiga até em casa, onde seu pai a espera: Professor Tomoe. Mimete, depois de muito falhar, resolve se unir a um imenso computador para ficar mais forte. Mas acaba sendo morta por sua irmã Tellu. Por sua vez Tellu é morta em uma explosão quando seus planos de fazer uma armadilha para Sailor Moon falham. Entra em cena a Quarta Witch, Villuy que controla os computadores de uma escola para conseguir os corações de cristal dos alunos. As Sailors a matam fazendo seu braço eletrônico lhe dar um enorme choque. A quinta e última Witch são na verdade duas: Ciprine e sua irmã gêmea Pitol. As Sailors não perdoam e acabam de vez com as duas ao fazer uma atirar na outra. Rini, preocupada com Hotaru, vai até a casa da amiga, mas é capturada por Kaolinite, que a rapta. Neptune e Uranus encontram a passagem para a sala do trono do Messias Negro, e lá uma sinistra cerimônia tem inicio. Deitada e cercada por uma barreira está Rini, que terá o coração usado para reviver o Messias do Silêncio (na verdade, uma forma de vida Alien que possui corpos). Sailor Moon chega com suas guerreiras, mas apesar de seus esforços, não consegue impedir que Tomoe retire o coração de Rini e o coloque em Hotaru, que se transforma em uma mulher adulta de longos cabelos negros, Mistress 9. No topo do prédio de uma escola, Professor Tomoe e Mistress 9 planejam a vinda de seu mestre, o Pharaoh Ninety, que destruirá o mundo e trará a era negra e silenciosa para o planeta. Para isso só precisam da Taça Lunar, para com seu poder iluminar o caminho da Terra para o Mestre. A energia negra toma conta do prédio e seres demoníacos saem de seus ovos pela construção da escola. As Sailors corajosamente entram, mas são cercadas por milhares desses monstros. Enquanto luta Serena é puxada pelo pescoço até Mistress 9. Em um corredor, o demônio que possuía o corpo do Professor Tomoe (que antes era bonzinho) luta com Uranus e Neptune. O professor Tomoe, agora livre do demônio, sai à procura de sua filha Hotaru. Enquanto isso Serena se vê frente a frente com Mistress 9, mas acredita que Hotaru ainda esteja viva dentro dela. Ao ver o pai ferido, Hotaru se manifesta e pede a Sailor Moon que lhe dê o poder da Taça Lunar. Ao recebê-lo Mistress 9 gargalha triunfante. O Taça é colocado em uma máquina e começa a sinalizar o caminho para a vinda de Pharaoh Ninety. Sailor Moon tenta impedir, mas é atacada por um raio. Vendo Serena e seu pai no chão feridos, Hotaru com toda a sua força volta e Mistress 9 desaparece. Em seu lugar surge a Guerreira da Destruição, Sailor Saturn, que vai lentamente até Pharaoh Ninety para destrui-lo usando todo o seu poder e sacrificando a sua própria vida. Sailor Moon chora por não ter o poder de evitar a morte de Hotaru. Tomada por esses sentimentos puros, o broche de Sailor Moon evolui e, em meio as borboletas de luz, Serena se transforma em Super Sailor Moon e desaparece quando entra na esfera brilhante de Pharaoh Ninety. Depois de destruir o Pharaoh, Sailor Moon retorna com os olhos vidrados trazendo um bebê nos braços. Uranus e Neptune vão até ela e desaparecem com o bebê antes que as outras Sailors cheguem. No outro dia Serena não lembra o que aconteceu e fica preocupada com Hotaru. Mal sabe ela que Hotaru agora é um bebê e está no hospital com seu pai, que está muito machucado. Dias depois, Rini vai até o parque e descobre que Hotaru é agora um bebê, ao vê-la no colo de seu pai Tomoe. Por fim chega a hora de Rini voltar para casa. Com uma mochilinha cheia de presentes, Rini chega em casa, mas volta rapidamente ao ver as Sailors sendo atacadas por um último monstro de Tomoe. E todas juntas conseguem destruí-lo.