É o primeiro dia no Colegial e todas as garotas, em seu novo uniforme, estão muito entusiasmadas. Até Serena e Minako conseguiram passar nos exames e entrar no colegial. Mas o dia não é só de alegrias, pois Neherenia está de volta e em busca de vingança. Haruka e Michiru são as primeiras a sofrer o ataque de Neherenia, que manda mulheres de vidro atacá-las, mas são ajudadas por Sailor Pluto, que chega trazendo um bebê. É Hotaru, que por não ser um bebê comum, no final dessa luta cresce rapidamente e se torna uma menina de seis anos, fato que assusta a todos. Depois da luta, Michiru, Haruka, Setsuna e Hotaru vão morar juntas em uma casa fora da cidade. Setsuna está preocupada com o rápido crescimento de Hotaru. À noite, uma imagem de Sailor Saturn faz Hotaru abrir sua mente e se lembrar de seu próprio passado. Assim ela, com seus quatorze anos, volta a ser Sailor Saturn, para alegria de Serena e Rini. Darien fica sob poder de Neherenia, ao ponto de vê-la refletida em todos os espelhos ao seu redor. As Sailors chegam ao seu apartamento, mas não conseguem impedir que Neherenia desapareça com Darien dentro de um dos espelhos. Serena fica desesperada e suas lágrimas caem no broche, que evolui, lhe dando o poder de se transformar em Eternal Sailor Moon, sua verdadeira e última transformação. Ela então decide ir atrás de Darien e sai voando para o espaço... isso mesmo: agora ela possui asas! Ela chega a um lugar cheio de ruínas e colunas quebradas e caminha até o castelo de Neherenia. As outras Sailors se unem e voam atrás de Sailor Moon Eternal, mas caem nas armadilhas de Neherenia quando se separam em grupos. Quando Serena finalmente chega ao Palácio, vê suas amigas presas em espelhos. Encontra Neherenia triunfante, pois agora Serena se sentirá tão sozinha quanto ela e começa a atacá-la por todos os lados. Serena, entretanto, não consegue revidar e apenas chora de pena pela pobre e sozinha Neherenia. A vilã não consegue entender isso e fica diante de Serena sem saber o que fazer. Com isso os olhos de Darien começam a brilhar e ele volta ao normal. Os espelhos que aprisionavam as Sailors se quebram e a frieza de Neherenia tem fim. Ela começa a chorar e desaparece em uma chuva de raios. Em algum lugar do passado, Neherenia menina, aquela que desapareceu com medo quando se viu velha e sozinha, acorda de um pesadelo em seu quarto... Serena está muito triste. Rini foi embora e Darien a deixou para ir a América, estudar por um ano. Mas antes ele lhe deu um lindo anel, o que lhe animou um pouco. Mal sabe ela que logo após a partida, o avião de Darien desapareceu depois de ser atingido por um estranho raio. Mas um famoso grupo de rock chega na cidade, o Three Lights, e as meninas arrastam Serena em suas aventuras atrás do grupo. Ao mesmo tempo que esse famoso grupo chega na cidade, três novas heroínas se apresentam na luta contra o mal: são as Sailor Star Fighter, Maker e Healer. E haja Sailors, pois inimigos não faltam. Nessa última fase a maior inimiga é Sailor Galaxia, que de longe manda seus servos buscarem na Terra as Star Seeds (estrelas-sementes) das Sailors, pequenos cristais que ficam em florzinhas na testa delas. A primeira enviada de Galaxia é Iron Mouse, que, não encontrando o que deseja, transforma a vitima escolhida em um monstro para atacar as Sailors. Os três integrantes do Three Lights (Seiya, Yaten e Taiki) vão estudar na mesma escola das Sailors, para delírio de Minako, e Seiya não sai do pé de Serena, lhe chamando o tempo todo de cabeça de vento. Na verdade, além dos três serem típicos estudantes e famosos cantores de rock, eles também são secretamente as Sailors Stars. Exatamente, as Sailors Starlights são rapazes que se transformam em garotas quando Sailors. Serena escreve sua trigésima carta para Darien, que até agora não respondeu nenhuma, o que a deixa muito preocupada. Galaxia mata Iron Mouse por suas falhas e chama mais uma de suas AnimaMates(o grupo de garotas-bichinhos de Galaxia) para conseguir as Star Seeds da Terra, o único planeta que Galaxia ainda não viu. Um dia Serena vai até o parque com Lua e uma menininha de cabelos vermelhos e sombrinha branca começa a segui-la. Ela tenta saber quem é a garotinha, mas ela só fala "Chibi" e desaparece. Quando chega em casa a tal garotinha está lá e sua mãe diz para não esquecer mais sua irmãzinha! Serena e Lua ficam chocadas. Enquanto a mãe de Serena faz compras com sua nova filhinha ChibiChibi, as Sailors se perguntam quem é a menininha. Todas desconfiam que ChibiChibi é a irmã de Rini e filhinha de Serena (do futuro). E realmente as duas se deram muito bem, o que foi ótimo para Serena que estava se sentindo muito sozinha sem Rini e Darien. Apesar de ser pequena, ChibiChibi também pode se transformar e lutar como Apesar de ser pequena, ChibiChibi também pode se transformar e lutar como Sailor.
Aluminum Siren e Lead Crow, enviadas de Galaxia, chegam à terra. Mas depois de muito lutar, Siren desiste de tudo, pois são muitas Sailors para ir contra e também é morta por Galaxia. As Sailors finalmente descobrem a verdadeira identidade das Stars e ficam chocadas por seus ídolos e agora amigos serem garotas. Por sua vez, as Stars também descobrem a identidade das Sailors, mas estão mais preocupados com sua missão de encontrar a sua princesa, Kakyuu, desaparecida depois que a Galaxia invadiu seu planeta.
Com a morte de Syren, Lead Crow se alia a Tin Nyanko,a gatinha. Além de procurar as Star Seeds, Galaxia também está à procura da princesa Kakyuu, pois sabe que enquanto a princesa estiver viva, ela não poderá tomar o universo. E na luta contra Lead Crow e Tin Nyanko, a princesa aparece, para alegria das Stars. Ela conta que Caos (que está no corpo de Sailor Galaxia) quer conseguir todas as Star Seeds para poder ter o universo em suas mãos.
Com o tempo a relação de Seiya e Serena foi mudando e se tomando mais do que uma amizade. Seiya começou a gostar de Serena, mas o amor por Darien venceu e ela só pode lhe pedir desculpas. Agora que encontraram a princesa Kakyuu, o Three Lights resolve dar último show no Tokyo Dome. Mas aparecendo de surpresa, Galaxia ataca e mata a Princesa, tomando a sua Star Seed. As Starlights partem atrás de Galaxia e são presas em sua dimensão. As Sailors se preparam para a luta final contra Galaxia e as chamadas Outer Sailors (Saturn, Uranus, Neptune e Pluto) saem na frente.
Sem saber como chegar até a dimensão, as Sailors são ajudadas por Sailor ChibiChibi, que as transportaem uma bola de luz.
Diante de Galaxia, as Sailors Mercury, Mars, Venus e Júpiter são as primeiras a morrer ao protegerem as Stars. Suas Star Seeds flutuam até Galaxia e seus corpos caem sem vida. Eternal Sailor Moon grita de dor enquanto Galaxia lhe mostra sua coleção de Star Seeds e entre elas está a de Darien.
As outras Sailors chegam e não conseguem atingir a poderosa Galaxia. Mas ela tem uma proposta: se elas lhe derem suas Star Seeds, Galaxia lhe dará um bracelete que as manterá vivas. Para ficarem juntas para sempre, Uranus e Neptune aceitam e passam a ser servas de Galaxia. Pluto e Saturn preferem morrer e realmente são mortas pelas mãos de Neptune e Uranus, que logo depois se voltam para atacar Sailor Moon Eternal. Mas de repente, Uranus e Neptune se voltam contra Galaxia e com o poder de seus próprios braceletes finalmente a atingem. Ela apenas ri e toma os braceletes de Uranus e Neptune, que caem mortas.
Galaxia consegue atingir Sailor Moon e toma a sua estrela ChibiChibi começa a brilhar e Galaxia a reconhece, soltando a Star Seed de Serena, que volta para o seu corpo. A história de Galaxia é revelada:
Há muito tempo ela era a mais poderosa Sailor dessa galáxia e tinha a missão de derrotar o Caos. Para isso, ela o trancou em seu próprio corpo, mas o Caos começou a tomar o controle, Antes que acontecesse, Galaxia resolveu mandar sua própria estrela (sua Star Seed) viajar pelo universo para encontrar alguém que pudesse salvar a todos. Essa estrela era ChibiChibi que se transformou em uma garota de longos cabelos brancos (Sailor Cosmos) e se dirigiu até Eternal Sailor Moon e lhe deu sua alma, na forma de uma espada.
Eternal Sailor Moon, agora com asas brancas, tem que lutar contra Galaxia, que está totalmente possuída. Mas Sailor Moon, como aconteceu na série inteira, acredita nas pessoas até o fim, e não quer lutar contra Galaxia, que também era uma Sailor. Galaxia a atacou diversas vezes, mas a resposta de Sailor Moon foi deixar cair a espada, que se transformou na pequena ChibiChibi, agora inconsciente.
Munida somente de amor, Serena chega até Galaxia e pega suas mãos. Com isso, a alma de Galaxia consegue tomar de voltar seu corpo e Caos desaparece totalmente. Galaxia sai pelo universo para devolver as estrelas aos seus donos e as Sailors voltam á vida, assim como Darien e ChibiChibi. A princesa Kakyuu volta e as Stars partem para o seu planeta, com Seiya ainda apaixonado por Serena. ChibiChibi agradece e... desaparece. Haruka, Michiru, Setsuna e Hotaru partem de carro para os seus destinos. Serena e Darien ficam sozinhos no parque. E tudo acaba com um beijo, a luz da Lua... É o fim.